„Homo fatuus sanctus” przenosi pytanie o religię, przemoc i ludzką irracjonalność znacznie głębiej – do ewolucyjnej historii naszego mózgu. Krzemień szuka źródła potrzeby bogów, rytuałów, pocieszenia i bezpieczeństwa w mechanizmach, które pomagały dawnym przedstawicielom rodzaju Homo przetrwać, lecz we współczesnym świecie mają prowadzić do lęku, agresji, dogmatyzmu i ucieczki w urojenia.

To opowieść o mózgu, który nauczył się przewidywać zagrożenia, i o człowieku, który z tej zdolności stworzył religie, systemy dominacji oraz przekonanie o własnej wyjątkowości. Autor prowadzi czytelnika przez początki religijności, ewolucję rodzaju Homo, antropocen, ludzką agresję i relację między pierwotnymi potrzebami a rozwijającym się umysłem.

Stawia przy tym zasadniczą tezę: samo myślenie nie czyni nas mądrymi. Homo sapiens może stać się czymś więcej dopiero wtedy, gdy umysł przestanie być podporządkowany lękom i potrzebom odziedziczonym po plejstoceńskich przodkach. Tym „czymś więcej” jest Homo superior – człowiek zdolny nie tylko rozumować, lecz również świadomie wybierać dobro zamiast przemocy, dogmatu i dominacji.